阜阳科学技术学校实行高中管理模式、半军事化管理模式。学生日常管理无缝连接，任课教师全程跟踪辅导，班主任24小时值班制度使学生安全得到保障，及时解决学生学习和生活困难。同时学校专门打造和设置智慧校园管理系统，可以实现家校联动的无缝衔接，全面做到了家校联合双层教育的模式。
阜阳科学技术学校一直秉承技能与升学并重的办学理念，根据学生的文化基础、能力素养、个人意愿等，分设升学班和职业技能班，家长和学生自愿选择。在各类技能大赛，成绩斐然，曾获省级奖项20余人次、市级技能大赛获奖150余人次，实现了固强补弱，全面提升学生综合职业能力的人才培养理念。